内分泌系は多くの異なる器官で構成され、ホルモンを統合して血流に放出する。循環ホルモンは異なる生体機能を制御している。 薬物は、体内で作られるホルモンの量が足りない時や、または効果を打ち消すほど多く作られた時 に、ホルモン値を調整するのに使用される。副腎で産生されるコルチゾールは人体の異なる組織にさまざまな影響を及ぼす。コルチゾールは、食物をエネルギーとして放出する細胞によって炭水化物、タンパク質、脂肪の利用を促進する。コルチゾールを作る量が不十分な人は、アジソン病を発現する。
コルチゾンは正常な副腎機能を模倣することができる。 副腎がコルチゾールを多く作り過ぎる患者は、クッシング症候群になる。副腎は外科的に切除された患者は、その後の人生でコルチゾンが必要になる。 クッシング症候群は、時折外科で扱うことができないことがある。その代わり、副腎がコルチゾー ルを多く作り過ぎるのを防ぐためにアミノグルテチミドまたはメチラポンを患者に与える。コル チゾンは、正常な血液中に存在するよりはるかに多くの量を与えることでアレルギー反応を治療 することができ、移植された臓器の拒絶につながる免疫反応を抑圧して特定の癌の進行を防ぎ、 炎症性の病気や細菌感染を治療する。また副腎はアルドステロンを産生することもでき、腎臓が排出する尿の量を制御する。利尿薬スピロノラクトンは、排尿の増加を誘発するアルドステロンの作用を防ぐ。
甲状腺が作るチロキシンは、通常の成長に必要とされる様々な細胞や組織が食物を活用してエネル ギーを作るのを助ける。過剰な量のチロキシンを有する人は、グレーブス病に罹り、薬物プロピルチオウラシルやメチマゾールで治療することができる。チロキシンが少な過ぎる場合は甲状腺機能不全を引き起こす；治療は合成型のチロキシンから成り、血流内の正常量に戻す。
副甲状腺から作られる副甲状腺ホルモンは、特殊な骨細胞を刺激して、カルシウムから骨を作る。通常、成長が止まった成人の骨組織では、生成と破壊のバランスがとれている。 骨粗鬆症は骨の損傷が骨形成を超えた時に起こり、骨の異常な損失や可能な骨折につながる。骨粗鬆症の治療に使用される一つの薬物がアレンドロネートで、骨の損傷を防ぐ。 副甲状腺の病気または甲状腺近辺の外科手術中に起こる、偶発的な損傷のいずれかから起こる副甲 状腺機能低下症は、骨組織と他の細胞によるカルシウムの使用を妨げる。コレカルシフェロール とカルシトロールは、カルシウムの正常な使用に戻すために使用できるビタミンDを含む薬物である。
すい臓で作られたホルモンインスリンは、細胞が血液中でエネルギーに使われる細胞内部の一部に糖(ブドウ糖)を運搬するのに役立つ。 １型糖尿病では、人体はインスリンを作る能力を失うため、それによって細胞がブドウ糖を使用で きなくなり高血糖をもたらす。合成インスリンを注入すると、失われたインスリンを交換することができる。2型糖尿病では、人体がインスリンを十分な量を生成できなくなるか、またはインスリンを使用す る細胞の能力が不足するようになる。グリブライドやメトホルミンなどの経口血糖降下薬は、インシュリン産生を刺激して細胞のインスリン機能を改善し、糖の摂取を可能にする。
卵巣と睾丸は重要な内分泌腺である。 卵巣はエストロゲンとプロゲステロンを統合する。エストロゲンは、骨形成と血液凝固に影響を及ぼすとともに、少女の肉体的な成熟を刺激して思春期をもたらす。 卵巣が正常量を産生しない場合、少女は原発性性機能低下症を発現することがあり、また成人女性 では受胎能力に問題が生じることがある。天然または合成のエストロゲンを与えることができる；薬物クロミフェンは、エストロゲンの量を増加させて受胎を促進する。プロゲステロンは月経に深い関わりがあり、受精後の子宮内の卵子の着床にとって重要である。プ ロゲステロンとエストロゲンに類似する合成化合物は、経口避妊薬に組み入れられて排卵を抑圧する。主要な男性ホルモンはテストステロンで、睾丸から産生される。 テストステロンには、思春期につながる一般的な成長促進の特性がある。テストステロンは、男性の性機能の刺激と維持において重要な役割を果たしている。 テストステロンに類似する合成化合物(オキサンドロロン)は、精巣の機能が減少している患者の薬物として使用される。
下垂体後葉は、妊娠第3期の終わりにオキシトシンを分泌し、子宮壁を裏装する筋肉の収縮を増加させ、陣痛と出産を刺激する。 合成オキシトシン(ピトシン)を投与すると、必要な時に陣痛を誘発することができる。