夜遅く、仕事のためパリに滞在中だったハーバード大学の教授・ロバート＝ラングトンの元に一本 の電話が掛かってくる。22時46分、ルーブル美術館館で館長、ジャック＝ソニエールが殺害 され、無残な形で死体と化していた。ところが、ジャックの死体の横には犯人特定に繋がりそう な奇妙な数列が書かれてあった。警察は、ジャックが最期に残したダイング・メッセージとして 捜査を始める。ロバートはその晩ジャックと会う約束をしていたことと象徴記号の専門家だった ことで捜査協力の依頼をされる。ところが、警察官 ファチェと話していくうちに自分が容疑者 、それも第一容疑者として呼ばれたことに次第に気付いてくる。そこへ、暗号学者であり警察官 でもあるソフィーがロバートの元へやってくる。ファチェの目を盗み、ソフィーはロバートに自 分がジャックの孫であること、そしてそばに書かれたダイング・メッセージは彼女に書かれたメ ッセージであることを伝えるた。半信半疑のロバートだったが彼女の熱心な説得により、そして 自分の身の安全ため取り合えず、逃走することに決めた。目的地は、アメリカ大使館。ところが 、目的地に向かう途中、ロバートはジャックの残したダイング・メッセージの解読の糸口を思い つく。警察側はちょうどその時、ロバートが外へ逃走したと勘違いして美術館の中はがら空きだ った。ロバートはメッセージの意味をソフィーに告げると彼女は、すぐさまグランド・ギャラリ ーへ走った。ロバート自身、その暗号が実際に何を意味するのかを知りたい一方早く、大使館へ 逃げこまなければならない二つの心境に置かれた。だが、やはり学者としての好奇心を捨てきれずグランド・ギャラリーへと走っていった。
ソフィーとロバートの二人はここで再び新たな謎を解く鍵を手に入れることとなる。そして、二人 が真実に近づくにつれて危険な状況に追い込まれていく…ジャックの残した手がかりで果たして二人は無事に真実へ辿りつけるのか――。
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